1946 yılında Prof. Dr. H.Th. Bossert, Halet Çambel ve Adana Müze Müdürü Naci Kum tarafından Karatepe'ye yapılan ilk inceleme gezisinde bu harabeye ait esas  şehrin Ceyhan Nehri'nin karşı kıyısında, üzeri baştanbaşa meşelik ve çalılıklarla  kaplı alanda olduğu ekiplerce kayıtlara düşülmüştü.


Karatepe'de devam eden  kazılar esnasında kazı ekibinden Bahadır Alkım tarafından incelenen bölgeyle ilgili 1983 yılında yapımına başlanan Aslantaş barajı nedeniyle zorunlu olarak  kurtarma çalışmalarına başlandı.
 Th. Bossert ve Bahadır Alkım'ın 1947  ilkbaharında Domuztepe'ye yaptıkları ilk ziyareti B. Alkım şöyle anlatır. ''…süratli bir cereyanla akan Ceyhan Nehri kabarık olduğundan ve  yakınlarında köprü olmadığından dolayı karşı tarafa ancak uzun bir dolaşma  yaptıktan sonra küçük bir kayıkla geçmek mümkün olabildi… Keşiş Irmağı'nı ise atla geçtik… bir kısmını atla bir kısmını yaya olarak yaptığımız bu  yolculukta… Domuztepe harabesi dikenlik ve pek sık bir orman içinde geniş bir sahaya yayılmış durumdadır… Ormanda müsait ışık sağlanamadığından pek az  resim çekebildik… içinde güçlükle dolaşılabilen bu harabede şehir suru kalıntıları, işlenmiş bir çok duvar taşları, ortosdadlar, bir rölyef parçası… çift  boğalı bir heykel kaidesi bulunmaktadır…'' 
Bahadır Alkım tarafından Domuztepe'de yapılan araştırma ve kazılar,  Domuztepe'nin farklı zamanlarda iskân edildiğini ve Karatepe'den en az yüz yıl daha eski bir geçmişi olduğunu ortaya çıkardı. Yapılan kazı araştırmalarda  Karatepe'yle çağdaş üç ortosdad bulunduğu gibi Karatepe'den en az 100 yıl  öncesine tarihlenen üç kapı aslanı ile çifte boğalı bir kaide de ele geçirildi. 
Burada dikkat çeken bir özellilkte akropolün 300 m uzağında ele geçen hayat  ağacı kabartmasının Karatepe'de çalışan bir ustanın elinden çıkmış olmasıdır.  Bahadır Alkım'ın akropol olarak kabul edilen alanda yaptığı çalışmalar Roma ve  Helenistik dönem tabakalarının altında üç yapı katı ortaya çıkardı. 
Bu katlardan  ikisi 8. ve 9. yüzyıla tarihlenirken ana kaya üzerindeki en alt katın ise Hitit  İmparatorluk dönemine ait çanak çömleği ile olan benzerliğinden dolayı son Tunç çağı'na ait olabileceği belirtildi. Yine Domuztepe'ye bir kilometre uzaklıktaki Çerçioğlu-Pınarözü mahallesinde M.S. 600 yılına ait mozaik döşemeli  bir bazilikanın bulunması ve akropol kazılarında ele geçen Helenistik döneme ait çanak ve çömlekler, Domuztepe öreninin daha çok antik çağa ait olduğunu ve Hitit dönemi yerleşkesinin geniş ölçüde tahrip edildiğini ortaya çıkardı. 
Domuztepe'de 1952 yılında yapılan son kazı çalışmasından sonra Bahadır Alkım araştırmalarını İslahiye bölgesine kaydırdı. Karatepe-Aslantaş'ta kalan ekip ise  yarım yamalak bırakılan işleri tamamlamaya yöneldi. 
Bölgede başlanan Aslantaş Barajı'nın inşaat işlerinin bitmesiyle birlikte su  tutma aşamasına gelinince Domuztepe'de yeniden gündeme geldi. Barajda  tutulacak su kotu Domuztepe'nin üst düzlükteki yerleşim alanını ve akropolü etkilemeyeceğinden yapılacak iş; platonun ırmağa bakan dik yamaçlarındaki bir  giriş kapı yapısından aşağı yuvarlandığı düşünülen iki kapı aslanının göl alanı dışına çıkarılması ve bunlara ait eksik parçaların aranması şeklinde olacaktı. 
Aslanların meşekkatli bir uğraştan sonra yukarı çekilmesinin ardından sıra  eksik parçaların aranmasına gelince tabanı kaplayan sık çalı örtüsünün  kaldırılması gereği ortaya çıktı. Yamaçta yapılan bu temizlik çalışmaları Domuztepe'nin tarihini ve önemini birden değiştirdi. 
Son derece dik ve sarp olan bu yamaçlarda yerleşme izine raslanması öngörülmediğinden sadece kırık asalan parçaları araştırılırken beklenmedik bir  şekilde bir duvar izine raslandı ve hemen kazı işlerine başlandı. Batı yamaçta rastlanan bu duvarın Domuztepe'nin su yoluna inen bir koruyucu duvar olduğu  sanıldı. Çünkü bu kadar dik ve sarp bir yamaçta bir yerleşimin olması çok zordu. 
Kazı ilerledikçe toprak altından çıkan duvarlar biribirini izlemeye başladı. Çeşitli dönemlere ait sur duvarları ve aralarındaki yapı kalıntıları ortaya çıkmaya  başlıyordu. Tüm bu gelişmeler vakit geçirmeden ekibin çoğaltılması gerektiğini  ortaya koydu. Prehistorya Kürsüsünden Murat Akman, Aslı Özdoğan ve Mete Savaş yardıma yetiştiler. 15 gün sürmesi düşünülen eser arama çalışması üç buçuk aylık kapsamlı, yoğun bir kazıya dönüştürüldü. Bu gün kademesiz ve dik olan yamaçların Pyramos Nehri'nin yüksekten aktığı dönemlerde oluşturduğu  taraçaların zamanla yukardan inen molozlarla örtüldüğü anlaşıldı. 
Domuztepe M.Ö 6000 tabakaları Bu taraçalardan genişlikleri fazla olmayıp düzce olanların bazılarının I. Neolotik dönemde (M.Ö. 7. bin sonu-6.bin başları) yerleşim alanı olarak  kullanıldığı, ancak birçoğunun M.Ö. 2000 yıl temelleri tarafından tahrip edildiği  belirlendi. Burada ele geçen çanak çömlek ve yontma taş aletlerinin,  Yümüktepe- Suriye- Güneydoğu Anadolu'nun bilinen en eski çanak çömlek  buluntularıyla benzeştiği ortaya çıktı. Taraçaların bulunduğu düzlemde tarih  öncesi döneme ait ikinci bir kültür katmanına ait kalıntılara rastlandı. Son Kalkolotik- İlk Tunç Çağı geçiş dönemine ait bu kalıntıların (M.Ö. 4.bin sonu- 3. bin başı) oldukça tahrip edilmiş olduğu tespit edildi.  Kalkolotik döneme ait ocak (Domuztepe güney yamaç)  Bu döneme ait bir duvar ve bir de çukur bulunabildi. Çanak çömlek ve  diğer buluntuların daha çok Mezopotamya, Güneydoğu Anadolu'nun Obeid- Uruk dönemi ve Sakçagözü tabakasıyla yakından benzeştiği anlaşıldı. Tespit  edilen bir diğer evrenin ise Domuztepe'nin esas büyük yerleşmesine ait (M.Ö.2.  bin başı- M.Ö. 6. yy. ilk yarısı) olduğu anlaşıldı. Özellikle M.Ö. 2. bin yılının  hemen başlarında yamacın her yerinin set duvarları üzerine yerleştirilmiş yapılarla dolu olduğu anlaşıldı. 
Orta Tunç Çağı'na ait depo Yapılan kazı ve incelemelerde en son M.Ö. 600 yılına ait kalıntılara  ulaşılmıştır. Domuztepe'nin üst düzlüklerindeki Helenistik ve Roma yapı katları olduğu düşünüldüğünde o dönemde erezyon yüzünden iyice dikleşen  yamaçların artık oturulamaz olduğu ve yerleşimin sadece üst düzlükte devam etmiş olabileceği anlaşılır. Bahadır Alkım tarafından bulunmuş kabartmalar ve heykeller bölgede en yoğun yaşandığı anlaşılan M.Ö.10. ve 8. Yüzyıllara ait  olduğu düşünüldüğünde bu evrenin son Hitit krallıkları dönemine denk  geldiği ve Karatepe-Aslantaş ile çağdaş olduğu söylenebilir. 
Domuztepe'nin doğusundaki düzlükte yapılan çalışmalar 40X40  boyutlarında, büyük taş bloklarından oluşan, büyük küçük geçitleri andıran  azametli bir yapıyı ortaya çıkardı.  Domuztepe Villa Rustica  Çok sayıda düz çatı kiremitleri ve pişmiş toprak kapların ortaya çıktığı kazı sonucunda bu büyük ve teşekkülü yapının son antik döneme ait olduğu  belirlendi. Yapılan incelemeler bu azametli yapının Roma dönemine ait bir Villa  Rustica, bir tarım tesisi olduğunu ortaya koydu. Bina içinde ve çevresinde ele 
geçen un öğütmeye yarayan bazalt taşından yapılmış değirmen altlığı ve  yalaklar, çiftlikte hem tarım hem de hayvancılık yapıldığını ortaya çıkardı.  Ovalık Kilikya'nın böyle ücra bir köşesinde zengin ve güçlü çiftlik sahiplerinin bulunması, Villa Rustica'nın hemen 800-1000 m. Güneydoğusunda bulunan tabanı mozaik döşemeli, anıtsal bir yapı görünümündeki bazilikanın  varlığı, bölgenin o dönemdeki durumu ile ilgili ipuçları vermektedir.