1946 yılında Prof. Dr. H.Th. Bossert, Halet Çambel ve Adana Müze Müdürü Naci Kum tarafından Karatepe'ye yapılan ilk inceleme gezisinde bu harabeye ait esas şehrin Ceyhan Nehri'nin karşı kıyısında, üzeri baştanbaşa meşelik ve çalılıklarla kaplı alanda olduğu ekiplerce kayıtlara düşülmüştü.
Karatepe'de devam eden kazılar esnasında kazı ekibinden Bahadır Alkım tarafından incelenen bölgeyle ilgili 1983 yılında yapımına başlanan Aslantaş barajı nedeniyle zorunlu olarak kurtarma çalışmalarına başlandı.
Th. Bossert ve Bahadır Alkım'ın 1947 ilkbaharında Domuztepe'ye yaptıkları ilk ziyareti B. Alkım şöyle anlatır. ''…süratli bir cereyanla akan Ceyhan Nehri kabarık olduğundan ve yakınlarında köprü olmadığından dolayı karşı tarafa ancak uzun bir dolaşma yaptıktan sonra küçük bir kayıkla geçmek mümkün olabildi… Keşiş Irmağı'nı ise atla geçtik… bir kısmını atla bir kısmını yaya olarak yaptığımız bu yolculukta… Domuztepe harabesi dikenlik ve pek sık bir orman içinde geniş bir sahaya yayılmış durumdadır… Ormanda müsait ışık sağlanamadığından pek az resim çekebildik… içinde güçlükle dolaşılabilen bu harabede şehir suru kalıntıları, işlenmiş bir çok duvar taşları, ortosdadlar, bir rölyef parçası… çift boğalı bir heykel kaidesi bulunmaktadır…''
Bahadır Alkım tarafından Domuztepe'de yapılan araştırma ve kazılar, Domuztepe'nin farklı zamanlarda iskân edildiğini ve Karatepe'den en az yüz yıl daha eski bir geçmişi olduğunu ortaya çıkardı. Yapılan kazı araştırmalarda Karatepe'yle çağdaş üç ortosdad bulunduğu gibi Karatepe'den en az 100 yıl öncesine tarihlenen üç kapı aslanı ile çifte boğalı bir kaide de ele geçirildi.
Burada dikkat çeken bir özellilkte akropolün 300 m uzağında ele geçen hayat ağacı kabartmasının Karatepe'de çalışan bir ustanın elinden çıkmış olmasıdır. Bahadır Alkım'ın akropol olarak kabul edilen alanda yaptığı çalışmalar Roma ve Helenistik dönem tabakalarının altında üç yapı katı ortaya çıkardı.
Bu katlardan ikisi 8. ve 9. yüzyıla tarihlenirken ana kaya üzerindeki en alt katın ise Hitit İmparatorluk dönemine ait çanak çömleği ile olan benzerliğinden dolayı son Tunç çağı'na ait olabileceği belirtildi. Yine Domuztepe'ye bir kilometre uzaklıktaki Çerçioğlu-Pınarözü mahallesinde M.S. 600 yılına ait mozaik döşemeli bir bazilikanın bulunması ve akropol kazılarında ele geçen Helenistik döneme ait çanak ve çömlekler, Domuztepe öreninin daha çok antik çağa ait olduğunu ve Hitit dönemi yerleşkesinin geniş ölçüde tahrip edildiğini ortaya çıkardı.
Domuztepe'de 1952 yılında yapılan son kazı çalışmasından sonra Bahadır Alkım araştırmalarını İslahiye bölgesine kaydırdı. Karatepe-Aslantaş'ta kalan ekip ise yarım yamalak bırakılan işleri tamamlamaya yöneldi.
Bölgede başlanan Aslantaş Barajı'nın inşaat işlerinin bitmesiyle birlikte su tutma aşamasına gelinince Domuztepe'de yeniden gündeme geldi. Barajda tutulacak su kotu Domuztepe'nin üst düzlükteki yerleşim alanını ve akropolü etkilemeyeceğinden yapılacak iş; platonun ırmağa bakan dik yamaçlarındaki bir giriş kapı yapısından aşağı yuvarlandığı düşünülen iki kapı aslanının göl alanı dışına çıkarılması ve bunlara ait eksik parçaların aranması şeklinde olacaktı.
Aslanların meşekkatli bir uğraştan sonra yukarı çekilmesinin ardından sıra eksik parçaların aranmasına gelince tabanı kaplayan sık çalı örtüsünün kaldırılması gereği ortaya çıktı. Yamaçta yapılan bu temizlik çalışmaları Domuztepe'nin tarihini ve önemini birden değiştirdi.
Son derece dik ve sarp olan bu yamaçlarda yerleşme izine raslanması öngörülmediğinden sadece kırık asalan parçaları araştırılırken beklenmedik bir şekilde bir duvar izine raslandı ve hemen kazı işlerine başlandı. Batı yamaçta rastlanan bu duvarın Domuztepe'nin su yoluna inen bir koruyucu duvar olduğu sanıldı. Çünkü bu kadar dik ve sarp bir yamaçta bir yerleşimin olması çok zordu.
Kazı ilerledikçe toprak altından çıkan duvarlar biribirini izlemeye başladı. Çeşitli dönemlere ait sur duvarları ve aralarındaki yapı kalıntıları ortaya çıkmaya başlıyordu. Tüm bu gelişmeler vakit geçirmeden ekibin çoğaltılması gerektiğini ortaya koydu. Prehistorya Kürsüsünden Murat Akman, Aslı Özdoğan ve Mete Savaş yardıma yetiştiler. 15 gün sürmesi düşünülen eser arama çalışması üç buçuk aylık kapsamlı, yoğun bir kazıya dönüştürüldü. Bu gün kademesiz ve dik olan yamaçların Pyramos Nehri'nin yüksekten aktığı dönemlerde oluşturduğu taraçaların zamanla yukardan inen molozlarla örtüldüğü anlaşıldı.
Domuztepe M.Ö 6000 tabakaları Bu taraçalardan genişlikleri fazla olmayıp düzce olanların bazılarının I. Neolotik dönemde (M.Ö. 7. bin sonu-6.bin başları) yerleşim alanı olarak kullanıldığı, ancak birçoğunun M.Ö. 2000 yıl temelleri tarafından tahrip edildiği belirlendi. Burada ele geçen çanak çömlek ve yontma taş aletlerinin, Yümüktepe- Suriye- Güneydoğu Anadolu'nun bilinen en eski çanak çömlek buluntularıyla benzeştiği ortaya çıktı. Taraçaların bulunduğu düzlemde tarih öncesi döneme ait ikinci bir kültür katmanına ait kalıntılara rastlandı. Son Kalkolotik- İlk Tunç Çağı geçiş dönemine ait bu kalıntıların (M.Ö. 4.bin sonu- 3. bin başı) oldukça tahrip edilmiş olduğu tespit edildi. Kalkolotik döneme ait ocak (Domuztepe güney yamaç) Bu döneme ait bir duvar ve bir de çukur bulunabildi. Çanak çömlek ve diğer buluntuların daha çok Mezopotamya, Güneydoğu Anadolu'nun Obeid- Uruk dönemi ve Sakçagözü tabakasıyla yakından benzeştiği anlaşıldı. Tespit edilen bir diğer evrenin ise Domuztepe'nin esas büyük yerleşmesine ait (M.Ö.2. bin başı- M.Ö. 6. yy. ilk yarısı) olduğu anlaşıldı. Özellikle M.Ö. 2. bin yılının hemen başlarında yamacın her yerinin set duvarları üzerine yerleştirilmiş yapılarla dolu olduğu anlaşıldı.
Orta Tunç Çağı'na ait depo Yapılan kazı ve incelemelerde en son M.Ö. 600 yılına ait kalıntılara ulaşılmıştır. Domuztepe'nin üst düzlüklerindeki Helenistik ve Roma yapı katları olduğu düşünüldüğünde o dönemde erezyon yüzünden iyice dikleşen yamaçların artık oturulamaz olduğu ve yerleşimin sadece üst düzlükte devam etmiş olabileceği anlaşılır. Bahadır Alkım tarafından bulunmuş kabartmalar ve heykeller bölgede en yoğun yaşandığı anlaşılan M.Ö.10. ve 8. Yüzyıllara ait olduğu düşünüldüğünde bu evrenin son Hitit krallıkları dönemine denk geldiği ve Karatepe-Aslantaş ile çağdaş olduğu söylenebilir.
Domuztepe'nin doğusundaki düzlükte yapılan çalışmalar 40X40 boyutlarında, büyük taş bloklarından oluşan, büyük küçük geçitleri andıran azametli bir yapıyı ortaya çıkardı. Domuztepe Villa Rustica Çok sayıda düz çatı kiremitleri ve pişmiş toprak kapların ortaya çıktığı kazı sonucunda bu büyük ve teşekkülü yapının son antik döneme ait olduğu belirlendi. Yapılan incelemeler bu azametli yapının Roma dönemine ait bir Villa Rustica, bir tarım tesisi olduğunu ortaya koydu. Bina içinde ve çevresinde ele
geçen un öğütmeye yarayan bazalt taşından yapılmış değirmen altlığı ve yalaklar, çiftlikte hem tarım hem de hayvancılık yapıldığını ortaya çıkardı. Ovalık Kilikya'nın böyle ücra bir köşesinde zengin ve güçlü çiftlik sahiplerinin bulunması, Villa Rustica'nın hemen 800-1000 m. Güneydoğusunda bulunan tabanı mozaik döşemeli, anıtsal bir yapı görünümündeki bazilikanın varlığı, bölgenin o dönemdeki durumu ile ilgili ipuçları vermektedir.